Ngay từ lúc thành lập, trường ĐH Nguyễn Tất Thành xác định sứ mệnh đào tạo ra những con người “vừa hồng, vừa chuyên”, có kiến thức vững chắc, có kỹ năng thuần phục, có khát vọng đổi mới tư duy và năng lực sáng tạo để tham gia tích cực vào tiến trình đổi mới sáng tạo trong xã hội. Đến nay, sau 24 năm, Nhà trường gần như đã đạt được những điều ấy nhờ có những đột phá trong cách thức quản lý giáo dục, luôn bồi dưỡng văn hóa chất lượng, văn hóa tổ chức, văn hóa phục vụ và không ngừng đổi mới tư duy, cơ chế quản lý Nhà trường, đổi mới chương trình đào tạo, phương pháp dạy và học, đổi mới cơ chế nghiên cứu khoa học, đồng thời đẩy mạnh việc áp dụng các chương trình đào tạo tiên tiến tăng cường liên kết hợp tác với các trường đại học trong và ngoài nước

1. Hiệu trưởng – TS. Trần Ái Cầm: Phụ trách chung và phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: chịu trách nhiệm trước Pháp luật và Hội đồng Trường Đại học Nguyễn Tất Thành về các hoạt động của Nhà trường; tổ chức thực hiện các nghị quyết của Hội đồng trường; những nhiệm vụ đột xuất, quan trọng và những giải pháp có tính đột phá trên các mặt công tác. Trực tiếp chỉ đạo, điều hành các lĩnh vực công tác: chiến lược và định hướng phát triển Trường; Kiểm định chất lượng giáo dục; Tạp chí khoa học và công nghệ; Tổ chức bộ máy và nhân sự; Pháp chế; Kế toán; Kế hoạch tài chính; Thi đua khen thưởng; Hành chính tổng hợp; Các khóa đào tạo theo đơn đặt hàng; Văn hóa – Tư tưởng; Thanh tra; Tuyển sinh; Quản lý công tác đào tạo kỹ năng; Công tác khảo thí; Phụ trách Quỹ học bổng NTTU; Các đơn vị đào tạo.

2. Phó hiệu trưởng – GS.TS. NGƯT. Nguyễn Văn Thanh: Phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: Hội đồng Khoa học và Đào tạo; các Khoa thuộc khối ngành sức khỏe.

3. Phó hiệu trưởng – TS. Nguyễn Lan Phương: Phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: Đào tạo đại học; Đào tạo sau đại học; Đào tạo theo nhu cầu xã hội; Đào tạo ngắn hạn; Phát triển văn hóa, giáo dục Đức, Nhật; Đào tạo ngắn hạn các kỹ năng ngoại ngữ, tin học; Hợp tác quốc tế; Quản trị thông tin; Các phần mềm quản lý; E-learning; Đào tạo từ xa.

4. Phó hiệu trưởng – PGS.TS. Trần Thị Hồng: Phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: Nghiên cứu khoa học; Chuyển giao công nghệ; Công tác sáng tạo, khởi nghiệp; Thực tập và việc làm cho sinh viên; phụ trách tổ chức Hội đồng học hàm cơ sở Trường Đại học Nguyễn Tất Thành.

5.  Phó hiệu trưởng – TS. Hoàng Hữu Dũng: Phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: Công tác sinh viên; Mua sắm trang thiết bị; Quản lý cơ sở vật chất, trang thiết bị, bố trí phòng làm việc cho các đơn vị; Dự án xây dựng; Truyền thông; Tổ chức thực hiện các biện pháp bảo đảm vệ sinh, trật tự, an ninh và an toàn trong trường; Hỗ trợ sinh viên Quốc tế; Thông tin thư viện; Các tổ chức Đoàn thể.

6. Phó hiệu trưởng – TS. Nguyễn Tuấn Anh: Phụ trách trực tiếp các lĩnh vực: Các dự án EU; Đào tạo quốc tế; Công tác phát triển các chương trình đào tạo quốc tế.